Wanneer in 821 voor het eerst van Baceroth wordt gesproken, werd een domein bedoeld waar ook Sint-Amands en Mariekerke toe behoorden. Oorspronkelijk behoorde Baasrode tot de Brabantgouw, maar tegen de elfde eeuw wist Vlaanderen dit stukje te veroveren. Dankzij haar gunstige ligging aan de Schelde groeide Baasrode snel uit van een relatief onbelangrijk gehucht tot een bloeiend handelsknooppunt aan de Schelde, waardoor het zich uiteindelijk de naam van het oorspronkelijke domein wist toe te eigenen. In de elfde eeuw verloor Baasrode het deelgebied Kuitelgem (den Briel) aan Buggenhout, alhoewel de kerkelijke bediening vanuit Baasrode bleef gebeuren. Inwoners van den Briel werden daarom geboren in Brabant, maar begraven in Vlaanderen.

Hoewel Vlassenbroek oorspronkelijk niet tot Baasrode behoorde, werd deze parochie na verloop van tijd bestuurlijk met Baasrode verbonden. Verwoestende overstromingen fnuikten er de ontwikkeling van een dorpscentrum. 

Baasrode ontpopte zich meer en meer tot een belangrijke los- en laadplaats aan de Schelde. Het hinterland van de haven strekte zich uit over de Denderstreek en West-Brabant tot en met Frans-Vlaanderen. De scheepvaart was hoofdzakelijk gericht op Antwerpen en Mechelen. Reeds in de veertiende eeuw werden stapelactiviteiten teruggevonden, maar de haven zou vooral in de vijftiende eeuw uitgroeien tot een bloeiend handelscentrum, gelijklopend met de snelle ontwikkeling van wereldstad Antwerpen. Baasroodse schippers voerden met hun koggen en heuden toen op vrijwel alle binnenhavens van Vlaanderen en Brabant. Het inwonersaantal nam gevoelig toe en de dorpskom werd sterk uitgebreid en verfraaid, onder andere dankzij de bouw van het Hof van Peene. Zelfs hertog Filips de Goede bracht in 1465 een bezoek aan het dorp. Ondertussen werd ook een rechtstreeks passagiersveer op Antwerpen ingesteld, dat later zou uitgroeien tot de belangrijkste van de Zuidelijke Nederlanden.

Tegen 1540 was het zwaartepunt van de handel tussen wereldstad Antwerpen en het Land van Dendermonde, de Denderstreek en West-Brabant  verschoven van de nabije stad Dendermonde naar Baasrode. Grote aantallen poorters maakten dezelfde stap. De stad voelde zich economisch gekrenkt en diende met succes een klacht in bij Keizer Karel. Ze verkreeg eeuwigdurende privileges die de handel in een groot aantal goederen in de stad centraliseerde en specifiek de Baasroodse stapel verbood. De voornaamste handelspartners Antwerpen en Aalst waren misnoegd en spanden verschillende processen aan tegen Dendermonde, maar het mocht niet baten. Een nieuwe klap volgde in 1561, wanneer het zeekanaal Brussel-Schelde werd geopend, waardoor zowat geheel West-Brabant (inclusief Brussel) uit het hinterland van de haven werd gelicht. Een aantal overstromingen en brandrampen – die naast de haven ook de scheepswerven en houtzagerijen in de as legden – deden de economische situatie geen goed. In 1567 vond een beeldenstorm plaats in de kerk wanneer een vlootje protestantse vluchtelingen een onwelkom bezoek bracht aan het centrum. Dit amateurlegertje werd enkele weken later door het Spaanse leger in de pan gehakt bij Oosterweel, nota bene tijdens het eerste militaire treffen van de 80-jarige Oorlog. Tijdens deze lange en gruwelijke burgeroorlog krijgt Baasrode tegen wil en dank een hoofdrol toebedeeld wegens haar strategische ligging. Een ramp kon niet uitblijven. De genadeklap kwam bij het krieken van de dag op 15 augustus 1579, wanneer de versterkte dorpskom tijdens de Slag om Baasrode werd veroverd en vernietigd, in een mislukte maar bloedige poging door Spaanse troepen om Willem van Oranje te pakken te krijgen. Alle gebouwen, waaronder de kerk en het Hof van Peene, werden in brand gestoken. Het grootste deel van de bevolking wist deze woelige jaren niet te overleven of was weggetrokken. In 1590 woonden slechts 47 gezinnen meer in de gemeente.

In de eerste helft van de zeventiende eeuw kwam de haven opnieuw tot grote bloei. De handel draaide op volle toeren en vooral de passagiersvaart op Antwerpen beleefde hoogdagen dankzij een vloot van zes zwaarbewapende konvooischepen. Het inwonersaantal nam met rasse schreden toe en verschillende scheepswerven specialiseerden zich in de productie van binnenschepen. Deze nieuwe bloeiperiode werd vanaf het midden van de zeventiende eeuw beknot door een resem oorlogen die zorgden voor de ineenstorting van handel en scheepvaart. Tegen het einde van de zeventiende eeuw was de goederenhandel slechts een schim van weleer en niet veel later werd ook het eeuwenoude passagiersveer op Antwerpen afgeschaft. Een groots project om een kanaal aan te leggen tussen de Dender te Wieze en Baasrode had het potentieel om de haven nieuw leven in te blazen, maar het project werd uiteindelijk afgevoerd wegens herhaaldelijk protest van Dendermonde. De economische motor van de gemeente werd voortaan gevormd door de talrijke scheepswerven, die aan een groot deel van de bevolking arbeid verschaften. Al snel groeide Baasrode uit tot één van de belangrijkste scheepbouwcentra van de Zuidelijke Nederlanden. Eerst lag de nadruk op binnenschepen voor Schelde- en Dendervaart, maar gaandeweg werden ook kustvaarders en haringvissersboten vervaardigd. Rond 1780 volgde de eerste driemaster, een fregat.

Tijdens de Franse en Hollandse periode werd de Schelde opengesteld en konden de Baasroodse schippers opnieuw onbelemmerd het ruime sop kiezen. Dankzij de vele contacten met Nederland werden de kiemen gelegd van een aanzienlijke handel in vis, paling en mosselen, wat ertoe zou leiden dat Baasrode omstreeks 1900 maar liefst 14 palingbotters bezat. De scheepswerven leverden zowel binnenschepen als koopvaardijschepen af en Baasrode werd een van de weinige binnenhavens met een zeegaande handelsvloot. De onafhankelijkheid van België vormde aanvankelijk een gevoelige klap voor de Baasroodse handel, maar al snel herpakte de gemeente zich. Zeer veel inwoners richtten zich op een carrière als binnenschipper. Tot de jaren 1860 werden nog talrijke grote koopvaardijschepen gebouwd en hersteld op de scheepswerven, waarna men zich opnieuw specialiseerde in kleinere houten binnenschepen. Vanaf de jaren 1890 werd met succes overgeschakeld op metaalbouw. Vanaf het einde van de negentiende eeuw werd Baasrode op korte tijd herschapen in een industriële gemeente. Als keerzijde van de medaille geraakte de Schelde zodanig vervuild, dat de vishandel tegen ca. 1920 quasi volledig ten onder ging.

De komende decennia bleef Baasrode in het teken staan van een bloeiende industrie, scheepsbouw en binnenscheepvaart. Vanaf de jaren 1970 kwam de plotse ommekeer, waarbij de meeste fabrieken over de kop gingen of kwamen leeg te staan. Vanaf 1977 werd Baasrode een deelgemeente van Dendermonde, de stad waarmee ze steeds in onvrede had geleefd. In 1986 sloot de laatste scheepswerf. Gepaard aan de afgenomen werkgelegenheid daalde het bevolkingsaantal op korte tijd dramatisch. Sindsdien is Baasrode een ingeslapen industriedorp.